В1526 г. Фердинанд был единогласно избран королем Хорватии, но в Венгрии его избрание не состоялось, так что государственная связь между этими королевствами, связанными общей историей в течение пяти веков, разорвалась. Но связи, закрепленные таким долгим сроком, не так-то легко разрушаются. Принимая хорватскую корону, Фердинанд дал хорватам большую грамоту, в которой торжественно обязывался сохранять «все вообще и каждую в отдельности привилегию права, свободы и постановления» хорватских сословий. Эти гарантии соблюдались Габсбургами в течение всего 16 века, т. е. и тогда, когда они уже были королями Венгрии. За все это время Хорватия и Славония пользовались полной внутренней независимостью, и по отношению к Венгрии они не несли решительно никаких обязательств. Постановления Хорватского сейма (Congregatio generalis) утверждались непосредственно королем; управление страной находилось в руках бана. Но в династии Габсбургов все более господствовала католическая реакция, все меньше было уважения правам народностей, и вот хорватам приходится искать союзников для общей борьбы с венскими придворными кругами, стремившимися упразднить права Хорватского королевства. Таких союзников хорваты видели в Венгрии, которая также боролась против нарушителей ее государственных прав. С1593 г. Хорватский сейм посылает в Венгерский по несколько своих представителей для совещания об общей политике. Мало-помалу обычай превращается в право, и в Венгрии укрепляется убеждение, что хорваты обязаны посылать своих представителей в Венгерский сейм. А раз они обязаны это делать, такое обязательство вытекает будто бы из самой природы отношений Хорватского королевства к Венгерскому. Другими словами, уже в половине 17 в. хорватам приходится искать у тех же Габсбургов защиты от притязаний Венгрии, объявившей Хорватию просто ее составной частью.

Вскоре и самой Австрии опять пришлось вспомнить о государственной независимости Хорватского королевства от Венгрии. Дело в том, что император Карл VI не имел потомков мужского пола, так что в силу соглашения, заключенного когда-то Габсбургами с Хорватией и с Венгрией, эти королевства освобождались от дальнейшего союза с названной династией. Следовательно, было необходимо передать наследственные права в женскую линию, дочерям императора, а для этого— приходилось заключать новое соглашение. Но с кем? С Венгрией ли одной, рассматривая Хорватское королевство, как ее составную часть, или и с Хорватией? Однако, Карл VI был гораздо менее уверен в согласии Хорватии, чем Венгрии, и для него представлялось выгодным вести переговоры с Венгерским сеймом, лишь имея в руках нечто положительное, предварительное согласие Хорватского сейма. На хорватскую же преданность Габсбургам он мог положиться, и она не изменила ему и на этот раз. В 1712 г. была обнародована т. н. Прагматическая санкция, т. е. решение, имевшее силу закона (санкцию) и устанавливавшее известный порядок деятельности (прагматику). В Венгрии этот закон, действительно, был принят не сразу, но только в 1723 году. Прагматическая санкция явилась одним из важнейших актов государственной жизни Австрии. Она установила единство и нераздельность австрийских земель и порядок наследования как по мужской, так и по женской линиям. Однако, за эту существенную помощь, оказанную Хорватами династии Габсбургов, эта последняя отплатила обычной неблагодарностью. Императрица Мария Терезия, первая, воспользовавшаяся благами Прагматической санкции, стремилась к идеалам централизации и германизации всего управления империей.