Права Хорватии на самоуправление были забыты, и здесь хозяйничали австрийские чиновники-немцы. В стране назревали волнения, которые сын Марии Терезии, имп. Иосиф И, старался успокоить обещаниями восстановить деятельность сейма. Но только преемник его, Леопольд II, исполнил эти обещания в 1790 г. Между тем, события быстро изменили все европейские порядки. Наполеон, разбив в начале 19 века австрийские войска, отрезал часть Хорватии от Австрии, соединил с ней некоторые другие южнославянские земли (Далмацию, Крайну и др.) и образовал таким образом Иллирийское королевство. Правда, оно просуществовало недолго, и уже Венский конгресс 1815 г. восстановил господство Австрии в этих областях, однако деятельность Наполеона и здесь, как в Польше, оставила важные последствия: она выдвинула идею национального родства южнославянского, иллирийского племени, и создала политическое движение, известное под названием иллиризма. Это течение выставило своим лозунгом восстановление национальных и политических прав хорватского народа и создание общего литературного языка для всех южных славян. Действительно, за сто лет хорватский народ дошел почти до такого же положения, в каком находился в начале 19 века и чешский: интеллигенция едва помнила о своем национальном происхождении, говорила по-немецки или по-венгерски, народ был угнетен, жил в нищете и невежестве. Но у хорватов еще гораздо живее были исторические воспоминания, здесь существовал также многочисленный класс дворянства, который мог легче вернуться к своей народности, чем совершенно онемеченное чешское дворянство. Наконец, юридически Хорватия все еще составляла отдельное королевство и имела свой сейм. Благодаря этим благоприятным условиям здесь складывается уже к сороковым годам, когда в Чехии политические и национальные требования ограничивались самыми скромными рамками, гордое национальное сознание, настаивавшее на употреблении в сейме, управлении и школе только хорватского языка, добивавшееся полной государственной самостоятельности Хорватии от Венгрии. Когда же в этой последней, в 1848—49 гг., вспыхнуло восстание, направленное против династии Габсбургов, которую мадьярские повстанцы объявили низложенной, то Хорваты под предводительством своего бана Иелачача снова вступились за Габсбургов, забыв все причиненные ими несправедливости.

Восстание мадьяр было подавлено с помощью австрийских, хорватских и особенно русских войск, присланных на помощь молодому Францу Иосифу императором Николаем I, и тогда хорваты опять стали не нужны этому государю, никогда не отличавшемуся благородством души. В годы реакции, продолжавшейся до 1859 г., Хорватия томилась под гнетом Венгрии. Конституционная эпоха, начавшаяся с этого времени, также принесла хорватам мало счастья: правительство Австрии колебалось между федерализмом или разделением империи на две части, внутри лишенные федералистического строя. Наконец, в 1867 г. эти колебания закончились созданием дуализма: в одной части империи доминирующую роль должны были играть немцы, в другой—мадьяры. И этим последним было предоставлено заключить с хорватами такое соглашение, которое определило бы точным образом форму подчинения Хорватско-Славонского королевства Венгерскому. Разумеется, лучшие люди Хорватии (как, напр., знаменитый епископ Штросмайер) противились такой формулировке хорватско-венгерских отношений и настаивали на сохранении за Хорватией ее державных прав. Но их удалось отстранить от совещаний, и, наконец, в силу необходимости Хорватский сейм принял в 1868 г. соглашение с Венгрией, которая, сохраняя за Хорватией права автономной провинции, все же подчиняет все ее политическое и даже экономическое развитие воле венгерского правительства.